引起衣原體感染的原因很多，衣原體可通過性接觸，還可通過手、眼、毛巾、衣物、浴器、便具和游泳池等傳播。與多人發生性關係、男方有尿道炎、衛生習慣差等都容易感染。因此，預防感染的關鍵是潔身自愛;搞好個人衛生保健。
衣原體感染的原因
肺炎衣原體感染
本病之病原體爲肺炎衣原體。1965年Grayston首次在一中國臺灣兒童之結膜分泌物中，分離出一株與其他衣原體不同的衣原體，當時命名爲TW(Taiwan)-183。1983年又在美國西雅圖1名急性呼吸道感染的大學生咽部分泌物中，分離出另一株衣原體而命名爲AR-39(acute respiratory-39)，後經研究鑑定，發現此兩株實爲同一種衣原體，其包涵體形態與鸚鵡熱衣原體類似，但其網狀體超微結構、單克隆抗體反應及DNA同源性均有別於沙眼及鸚鵡熱衣原體，1989年正式命名爲TWAR，又稱肺炎衣原體，爲衣原體屬中之第三種衣原體。
肺炎衣原體的形態與另兩種衣原體有不同，但近似鸚鵡熱衣原體，包涵體爲緻密卵圓形，不含糖原碘染色陰性。電鏡下原體典型爲梨形，亦可呈多形性，平均直徑380nm，周圍原漿區較大;始體爲球形，平均直徑510nm。
衣原體感染的原因
肺炎衣原體的主要外膜蛋白(MOMP)爲主要結構蛋白，其最重要的是熱休克蛋白(HSP)，是其重要的致病物質，尤其與血管內膜損傷及動脈粥樣硬化的形成密切相關。目前所知有兩個血清型。
組織培養較其他衣原體困難，可用Hela細胞、229細胞、HEP-2(人喉癌)細胞、Mc Coy細胞及MTED(人氣管上皮)細胞培養，其中HEP-2細胞最敏感。
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